Como eu sempre digo, nenhum sistema é impenetrável.
O pequeno número de malwares feitos para o Linux se deve, em parte, ao fato da arquitetura ser pensada e desenvolvida de forma a apresentar um nível de segurança maior em relação à outras existentes no mercado (Windows, IOS, Android, etc.), porém boa parte disso se deve à ainda pequena parcela de usuários do sistema em relação ao total de usuários de PCs.
A medida que esse número cresça há uma tendência de maior aparecimento de malwares, exploits, etc., de forma que a utilização de mecanismos de segurança tornam-se cada vez mais relevantes.
Seguem dois bons links que tratam sobre o assunto e mostram medidas que podemos tomar de forma a nos precavermos dessas ameaças, ou ao menos mitigar bastante os riscos:
http://www.linuxdescomplicado.com.br/20 ... teger.html
http://www.ibm.com/developerworks/br/li ... index.html
Abraço a todos.