Sidnei_Lopes,
Cara, eu não trabalho com vídeo não, sou apenas um entusiasta que entende um pouco do assunto, você para converter via Linux estes tipos de arquivos deveria usar o Mencoder, mas o Mencoder eu não consegui operar de jeito nenhum, se não me engano ele é por linha de comando, você pode tentar também o Multimedia Converter (
http://manualdolinux.wordpress.com/2007 ... -no-linux/ ) você encontra ele neste endereço que está entre parênteses, mas ele requer algumas dependências, instalei as tais dependências mas nada do programa funcionar comigo ( já tentei usar ele assim que migrei pro Linux e nada ).
Estes arquivos em Quick Time são da extensão .MOV que se não me engano usa um decodificador h263 e a versão mais recente ( Quick Time 7 ) usa o decodificador h264, se de tudo você não conseguir usar tanto o mencoder e o Multimedia Converter, use o Freeware ( Freeware mesmo ) do Windows TPGMenc para fazer a codificação de .MOV para MPEG-2 ( compatível com DVD ), mas mesmo assim se você não conseguir ou eu te mando este programa via e-mail com tudo exemplificado passo a passo para você fazer ou você me manda seus arquivos que eu faço para você sem problemas, qualquer coisa me avise que eu te ajudo, e também se os outros usuários do Fórum puder resolver este problema, são bem-vindas as ajudas.
sobre partituras eu não entendo nada, para mim eu gostei muito da distro porque eu não vou mais precisar usar programas do Windows para fazer minhas pequenas edições de vídeo, tipo retirar certos trechos de clipes de DVD's, editar músicas, fazer "medleys" ( tipo juntar muitas músicas em um único arquivo ), jogar efeito de "fade" ( ir diminuindo o volume da música no seu final ) eu acredito que tenha tudo isso, pois afinal é uma distro voltada para edição de multimídia. 
